Nguồn gốc của tên gọi Châu Đốc cho đến ngày nay vẫn còn là một vấn đề gây tranh cãi. Một số người cho rằng tên gọi này chỉ là cách nói trại ra từ một tiếng Cam Bốt là Meàth Chruk, có nghĩa là mõm heo, là tên gọi trước đây của cù lao được hình thành bởi Sông Tiền và Sông Hậu, sông Naréa và Sông Vàm Nao. Người Khmer cũng gọi cù lao này là SlaKét (cây cau dại). Một vài người lại nghĩ rằng theo những ký tự dùng để viết chữ Châu Đốc, thì nguồn gốc thực sự có thể là (Châu), có nghĩa là tỉnh và (Đốc), có nghĩa là bất diệt,...
Hiện nay, thành phố Châu Đốc không phải là tỉnh lỵ của tỉnh An Giang, mà tỉnh lỵ là thành phố Long Xuyên. Tuy nhiên, Châu Đốc lại từng là tỉnh lỵ của tỉnh Châu Đốc cũ vào thời Pháp thuộc trước năm 1956 và trong giai đoạn 1964-1975 dưới thời Việt Nam Cộng hòa. Đặc biệt, Châu Đốc lại là lỵ sở của toàn bộ tỉnh An Giang vào thời nhà Nguyễn độc lập. Địa bàn tỉnh An Giang khi đó bao gồm tỉnh An Giang, thành phố Cần Thơ, tỉnh Sóc Trăng, một phần các tỉnh Đồng Tháp, Hậu Giang và Bạc Liêu ngày nay.